專項應付款是指企業的專項資金對外發生的各種應付和暫收款項。

政府補助是指企業從政府無償取得貨幣性資產或非貨幣性資產，但不包括政府作為企業所有者投入的資本。

專項應付款和政府補助的區別：

1、兩者的性質有所不同，在專項應付款中核算的政府撥入資金屬于所有者投入的資本，而政府補助準則所適用的是政府無償給予的資產，這是兩者的根本區別。專項應付款是國家以投資者身份向企業投入資本，享有企業相應的所有權，企業有義務向投資者分配利潤，國家與企業之間是投資者與被投資者的關系。國家撥入的投資補助等專項撥款中，國家相關文件規定作為資本公積處理的，也屬于資本性投入的性質。政府的資本性投入無論采用何種形式，均不屬于政府補助。

2、兩者的形式有所不同。專項應付款是核算企業取得政府作為企業所有者投入的具有專項用途的資金，一般均為收到的政府撥入的貨幣資金。而政府補助是企業從政府無償取得的資金或非貨幣性資產，可以是以貨幣資金投入的財政撥款，也可以是政府無償給予企業的長期非貨幣性資產，比如：先征后返、即征即退的稅款行，政劃撥的土地使用權、天然起源的天然林等，也可以包括政府貼息或其他實物資產的撥入等。

3、專項應付款使用后形成資產，記入資本公積，影響企業的所有者權益。企業收到的政府補助則包括四種類型：與資產相關、與日常活動相關的除與資產相關的政府補助之外的政府補助、與銷售商品提供服務等活動密切相關的政府補助、與日常活動無關的政府對非日常活動給予的救濟補助等。在采用總額法對政府補助進行核算時，這四種類型的政府補助都將對企業的利潤產生影響。這是兩者在會計核算中的主要區別。