你好 
支票存根丟失,只要相關經辦人員寫一份事情經過的書面材料,之后由主管人員簽字認可,用這份書面材料做相關憑證的附件即可,還有要同時登記企業有關的支票備查登記薄; 另外,建議建立支票等重要空白憑證使用的備查登記薄,對重要憑證和單證的使用和作廢等情況進行登記,并由有關人員簽字.
也可以去銀行請求幫助,你寫好一個情況說明:我單位XX年XX月XX日,開具一份轉帳支票,收款單位是XXXXXXXX,號碼是XXXXXXX,付款金額為五萬元,不慎將支票存根遺失,請貴行給予證明!銀行蓋章以后,就可以作為依據入帳了.