企業增量留抵和存量留抵退稅，納稅人必須滿足一定條件，才能得到減稅優惠或者退稅。首先，納稅人應當把稅款所有者的身份證明和稅款的申報憑證準確、真實地報送給主管稅務機關；其次，納稅人應當按期繳納稅款，并保證稅款的真實性；最后，納稅人在稅務機關注冊時，應當按照規定報送相關資料。 
 
企業增量留抵和存量留抵退稅，主管稅務機關根據辦稅人員報送的憑證和有關資料，發現納稅人享受稅收優惠或者退稅的情況，經審核確認無誤后，即可付給納稅人減稅優惠或退稅金額。比如，某納稅人發票單價有所增加，其稅前利潤也有所增加，而稅款的額度沒有發生變化，經審核確認后，稅務機關可以將該納稅人的稅收優惠或退稅金額支付給其。