根據《中華人民共和國個人所得稅法》規定，企業對員工曠工、遲到等情形，罰款應在進行個人所得稅計稅前扣除，以減少企業和個人的稅負。以確保企業和個人的合規遵從稅收規定。  
所得稅計稅前扣除，即在企業發放工資之前，按照規定對工資中應當扣除的收入項目，進行扣除處理，以降低工資實際發放數額，最終減少個人所得稅負擔。  
拓展知識：《中華人民共和國個人所得稅法》還規定，企業應當在給予員工收入之前，按照國家規定把相關收入扣除，包括撫恤金、津貼、勞務報酬、補貼、獎金等，以減少企業和個人的稅負。