物流企業納稅一般按照實施現行稅收制度及其他相關法律法規，根據物流企業經營狀況，遵守《中華人民共和國稅收法》有關規定，向國家財政完成納稅義務。

物流企業按照稅收法規定，根據企業在收入來源、稅收種類、納稅義務人等方面的不同，分別實行營業稅、增值稅、個人所得稅、印花稅等不同的稅種。

1、營業稅：物流企業一般按月報送營業稅，一般按月匯總報送，也可按營業收入實現總月結算。

2、增值稅：物流企業應根據稅攷法規及其他相關法律法規，按月繳納增值稅，也可按營業收入實現總月結算。

3、個人所得稅：物流企業按照法律法規的規定，為了規避個人所得稅，可以采用股權激勵的方式，采用股權激勵的方式，降低企業納稅義務人從營業收入中繳納個人所得稅的金額。

4、印花稅：物流企業一般按月報送印花稅，按照營業收入金額計算，如果物流企業提供服務，開具發票，則根據發票金額實行印花稅繳納義務。

物流企業納稅要把握好各稅種的實行時機與納稅義務，要主動遵守稅收法律法規，以保證財務的規范性，減少納稅的負擔。

拓展知識：物流企業還需要辦理社會保險，在辦理社會保險中，物流企業需要根據營業收入進行相應比例的費用繳納，繳納的社會保險包括養老保險、失業保險、工傷保險和生育保險等，物流企業也要根據自身業務狀況參照社會保險法律法規辦理社會保險，保障自身企業及其雇員的利益。