實際操作中，就有一例房地產舊商鋪交易土地增值稅因征收方法不同而產生的巨額差異。某納稅人轉讓自建房中的一層店面266.79平方米，轉讓單價25000元/平方米，轉讓金額為6669750元。該店面經專業機構評估，重置成本價重新折扣后為1365333元，繳納相關稅費377471.14元，所購地價款200000元不能提供合法支付憑證。

相關計算方法：①按核定征收方法征收土地增值稅，應繳稅款=6669750×6%=400185(元);②按舊房土地增值稅政策據實征收，其中扣除項目金額為=1365333+377471.14=1742804.14(元)(地價款不予扣除)，增值額=6669750-1742804.14=4926945.86(元)，增值率=4926945.86÷1742804.14×100%=282.70%(適用稅率為60%、速算扣除率為35%)，應繳納土地增值稅=4926945.86×60%-1742804.14×35%=2346186.07(元)，與核定征收400185元相差近200萬元。

因此，地稅機關在征收房地產舊商鋪交易土地增值稅時，不能簡單地一核了之。

《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》(財稅〔2006〕21號)第二條第二款規定，核定征收的情形是：對于轉讓舊房及建筑物，既沒有評估價格，又不能提供購房發票的，地方稅務機關可以根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十五條的規定，實行核定征收。但現實情況是，個人購買的舊房一般都有正式發票，自建的房屋也有評估報告，房地產舊商鋪交易直接用核定征收方法征收土地增值稅的情形非常少。所以，對房地產舊商鋪交易土地增值稅，地稅機關應視情形采用不同的征收方法，盡量避免核定征收，以防范稅收執法風險。