企業(yè)所得稅匯算清繳工資扣除主要包括有：

1、企業(yè)以營(yíng)業(yè)收入為基礎(chǔ)，按照企業(yè)所得稅法規(guī)定，參照允許進(jìn)行部分扣除的費(fèi)用，按期繳納企業(yè)所得稅。

2、根據(jù)納稅期限，準(zhǔn)確計(jì)算出企業(yè)每期所得稅支出，并從原薪資中扣除繳納的企業(yè)所得稅，以及有關(guān)社會(huì)保險(xiǎn)費(fèi)用。

3、根據(jù)企業(yè)的稅務(wù)狀況，完成每個(gè)月的稅務(wù)申報(bào)，以及后續(xù)的任務(wù)。

此外，企業(yè)在匯算清繳工資扣除時(shí)還需注意以下幾點(diǎn)：

1、充分了解企業(yè)所得稅法規(guī)定的相關(guān)條款，特別是在稅務(wù)稽查強(qiáng)制稽查時(shí)，企業(yè)要注意遵守企業(yè)所得稅法規(guī)定的相關(guān)條款。

2、有效監(jiān)測(cè)企業(yè)稅務(wù)狀況，尤其是企業(yè)每月的稅務(wù)申報(bào)，以及后續(xù)的任務(wù)，確保稅務(wù)工作正常進(jìn)行。

3、協(xié)助企業(yè)確定納稅范圍，繳納本期應(yīng)繳稅款，并采取一定的稅務(wù)稽查措施，以防止稅務(wù)舞弊行為產(chǎn)生。

以上就是企業(yè)所得稅匯算清繳工資扣除的基本內(nèi)容，企業(yè)要做好稅務(wù)工作，更加注重各項(xiàng)稅務(wù)稽查，妥善處理納稅主體及其業(yè)務(wù)范圍，以及各項(xiàng)稅務(wù)管理等，為企業(yè)創(chuàng)造良好的稅收環(huán)境，同時(shí)也要注意規(guī)范各種稅務(wù)手續(xù)，以及做好工資發(fā)放的稅收扣除工作，使企業(yè)發(fā)放的工資能夠全面公正的繳納企業(yè)所得稅，共同促進(jìn)國(guó)家稅收收入。

拓展知識(shí)：從稅務(wù)賬戶與企業(yè)賬戶的角度分析，企業(yè)支付的薪資分為兩部分，一部分是企業(yè)應(yīng)發(fā)工資，另一部分是企業(yè)應(yīng)繳納的稅費(fèi)，所以企業(yè)在匯算清繳工資時(shí)要將這兩部分分開(kāi)處理。具體而言，企業(yè)先將賬務(wù)上的應(yīng)發(fā)薪資金額轉(zhuǎn)入企業(yè)賬戶，然后根據(jù)實(shí)際應(yīng)繳稅金額從企業(yè)賬戶中扣除相應(yīng)的稅金，最后將實(shí)發(fā)工資金額轉(zhuǎn)入稅務(wù)賬戶，以便向稅務(wù)機(jī)關(guān)匯繳納稅款。