租用商鋪轉租納稅的稅種是房地產稅。房地產稅是由應稅個人或單位承租、轉租房地產收取的稅款總稱，稅額按照承租面積、房屋租金、合同期限等不同因素而定。

轉租租房時，應繳納的房地產稅包括建筑稅、出租稅和出讓稅三種：

1）建筑稅：是根據房屋按其建筑物的建筑面積每平方米收取房屋使用稅的一種房地產稅，一般稅率為每平方米30元至100元。

2）出租稅：是按照房屋出租的實際租金每月收取一定比例的稅款，一般稅率為租金的5%至10%，少數地方可酌情增加，也可以降低。

3）出讓稅：是按照房屋出讓的實際價款收取一定比例的稅款，一般稅率為1%至3%，少數地方可酌情增加，也可以降低。

對于租用的商鋪轉租來說，繳納的稅款由出租稅及建筑稅組成，其中出租稅是按每月租金的5%至10%收取，建筑稅是每平方米30元至100元收取。商鋪的租賃合同一般為短期合同，長度在一年以內，對于轉租來說，則一定要按照短期合同的出租稅和建筑稅收取稅款。

此外，在租用商鋪轉租時，如果是在合同期間改變了租賃面積或者改變了租金，則要及時核實轉租后的新稅款繳納情況，保證轉租的商鋪稅款及時準確繳納，不致被稅務部門處以罰款等措施。

拓展知識：租賃房屋收取房地產稅，這一稅款必須由租賃人支付，不能由房東支付，也就是說，房地產稅是由租賃人來承擔責任的，這是由國家規定的。如果地方政府對租賃的房屋征收特別的房地產稅，則房東也有責任承擔；否則，如果租賃人拒絕支付，則房東有義務承擔此項稅款。