公司注銷所有者權益余額應向政府繳納企業所得稅。根據《企業所得稅法》第二十九條的規定，企業注銷（破產）時，應按稅務機關要求繳納企業所得稅。注銷企業在注銷前報稅目的，企業應當依照《中華人民共和國企業所得稅法》的有關規定，自獲利日起兩個月內，報稅繳款，按照注銷企業的實際所得繳納所得稅。

關于公司注銷所有者權益余額繳納企業所得稅，不同企業都有不同的情況，這要根據注銷企業的具體經營成果來定。根據《企業所得稅法》的規定，公司應當報稅、繳稅，綜合考慮各項經營因素，按照實際征收的形式，計算出所得稅稅額，并按照規定繳納所得稅。

另外，關于企業注銷的稅收，稅務機關還會根據企業資產情況，是否有重大損失和欠款等情況，特別是關于公司拆分、轉讓、變更等情況，有特殊的稅收優惠政策，企業可以向稅務機關申請，以享受有關的政策優惠。