商品流通企業印花稅計稅依據是《商品流通企業印花稅條例》（以下簡稱條例）。根據條例，當商品流通企業從流通（銷售）收入中抵減成本及稅金后，應按照經營收入的百分之一收取印花稅，當經營收入不滿1000元時，按照1000元收取印花稅；如果有扣稅憑證，則按照扣稅憑證的金額收取印花稅。

在具體實施中，印花稅也包括建筑材料、通訊設備、家電器材、交通運輸設備、機械設備、醫療用品等商品的銷售中按照經營收入的百分之一收取印花稅，該稅率為0.05%，即5分錢/百元收取。

印花稅計稅的具體實施過程為：商品流通企業首先確定貨物的流通收入；然后根據企業的實際情況，合理抵減相關成本；在確定出經營收入后，按照經營收入的百分之一的標準收取印花稅；最后確定出印花稅的金額，將收入與印花稅金額一并上繳。

拓展知識：印花稅可以看做是簡化傳統所得稅（Income Tax）和利得稅（Capital Gain Tax）計稅方式的稅就性稅。在經濟社會發展與不斷變遷時，由于利得稅和所得稅計稅繁瑣，稅負高，影響經濟發展，因此，印花稅作為一種特殊的方式，以簡化的方式，用較少的稅負，達到調節和穩定經濟發展的作用。