增值稅在運輸費用上的計算主要以實際支付的費用為依據，即具體運輸貨物的運輸費用總和。

首先，根據增值稅法律，運輸費用的應稅項目包括以下幾類：

1、運輸費用：運輸費用，即收取貨物的運輸費用，包括：收取貨物的運輸費用、倉儲費用、某些運輸費用的稅收相關地區稅金；

2、裝卸費用：裝卸費用，又稱搬運費用，是指運輸費用以外的其他費用，主要在貨物裝卸，卸貨，壓貨，運輸某些特殊貨物，檢驗貨比較重貨物時產生的費用；

3、拋錨費用：拋錨指船只開行前、中途或到達目的地后，停靠港口等地暫時停下來的情況，拋錨費用是指這時候所支付的費用；

4、進港費：進港費是指每次進入海港、河港或湖港的費用；

其次，運輸費用經計算確定后，應向稅務機關繳納增值稅。根據《中華人民共和國增值稅法》第十三條的規定，增值稅的稅率為17%，比例計稅的規定，運輸費用的稅費應根據實際費用的總和，以17%率計算，由企業在收取費用時繳納。

拓展知識:

運輸費用的抵扣條件：

1、抵扣增值稅的原材料必須是銷售生產經營所需原材料；

2、具有完整的增值稅專用發票；

3、必須屬于原材料類運輸費用；

4、運輸費用必須與應稅產品有直接的關聯。