根據《中華人民共和國企業所得稅法》第七十八條規定：“未及時建檔納稅人，應當由主管稅務機關處以每月應納稅款1%以內的罰款。”因此，對小規模納稅人未及時建檔的，應當由主管稅務機關處以每月應納稅款1%以內的罰款。

罰款的具體金額，應當根據未建檔形成的稅款的情況，由主管稅務機關根據繳納稅款的期限比例確定。例如，如果未建檔形成的稅款為100元，則在一個月內未建檔納稅的，主管稅務機關可以處以應繳稅款1%的金額，即1元。

此外，《中華人民共和國企業所得稅法》規定，主管稅務機關對發生違法違規行為的小規模納稅人，還可以根據規定進行其他處罰，例如罰款、停業、吊銷營業執照等。

拓展知識：

稅收稽查執法主要包括入庫稽查、實施稽查、納稅人自查等，根據不同的階段分別采取不同的措施，以有效防范和打擊稅收違法行為。在稅收稽查執法過程中，主管稅務機關將充分發揮審核、監督、查處和督促等職能，通過入庫稽查發現可疑納稅行為，實施稽查發現重大稅收違法行為，并依法對其實施行政處罰。