出口退稅申報系統備案流程如下：

1、首先，企業申報人需提交備案材料，包括企業的營業執照、稅務登記證、增值稅一般納稅人資格認定書等文件，以及相關備案證書和備案表等相關信息；

2、在提交備案材料后，退稅申報人需要在稅務機關登記備案，并完成質量把關；

3、當質量把關完成后，企業申報備案人需要向稅務機關提交財務報表，以及相關備案確認書等文件；

4、提交所有相關材料以及備案資料后，企業需要參與稅務機關舉辦的特定備案審核流程；

5、通過備案審核流程之后，稅務機關即可正式擬定出口退稅備案信息，并將備案結果發放給企業申報人；

6、備案完成后，企業才可以正式通過出口退稅申報系統提交退稅申請。

拓展知識：出口退稅一般指出口貨物、服務和技術的出境后，申報其出口收入在公安局、海關和稅務機關依法申請確認出口退稅，并由海關實施退稅報關的活動。出口退稅是政府出口政策的重要內容，因此，企業在出口退稅申報之前，必須要完成出口退稅申報系統的備案手續，才能使申報流程更加順暢、規范。