醫(yī)療機構(gòu)銷售藥品征收增值稅應(yīng)該根據(jù)國家有關(guān)規(guī)定進行征收。根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》，醫(yī)藥機構(gòu)銷售藥品可以享受一般納稅人征稅政策，也就是醫(yī)藥機構(gòu)銷售藥品的增值稅稅率為17%。但是，根據(jù)《增值稅改革稅收擴范暫行條例》，獲得國家稅務(wù)總局規(guī)定的特殊征稅政策的，可以以6%的稅率征收，其中包括醫(yī)藥機構(gòu)銷售的藥品。

此外，一些涉及國家重點支持的產(chǎn)品和服務(wù)，如新藥、抗腫瘤藥物、西藥、中成藥、中草藥、保健食品等，可以享受減稅或免稅政策。

拓展知識：在增值稅減免政策中，特定藥品還有減按3、9或15%征收的政策。這些藥品有兩類：一是處方藥，如抗腫瘤藥物、新藥、西藥、中成藥、中草藥等，可享受3%的減按稅率；二是非處方藥，如抗生素、抗病毒藥物、神經(jīng)科藥物、抗凝血藥品、心血管類藥物等，可享受9%的減按稅率。此外，一些保健食品也可享受15%的減按稅率。