單位自制原始憑證有涂改的處理原則是：涂改后的憑證應保持完整、合法、有效，憑證內詳細記錄交易信息的記賬要求也不得變更。憑證涂改后，須在原憑證的頂部、底部、右下角加蓋涂改章，并由被授權人簽字暗號，以示涂改是有效的，并屬實。

首先，應建立內部有關涂改原始憑證的權限、程序和規范，同時建立涂改原始憑證的審核機制，明確對涂改原始憑證的審核程序、責任人和核查程序。其次，應建立涂改原始憑證的管理制度，規定涂改原始憑證的權限、涂改的范圍和種類以及內容，并認真審核批準所有涂改記錄，以保證涂改原始憑證的正當性、合法性和真實性。

此外，任何涂改必須清楚地記錄在涂改章上，涂改章中需要如下內容：日期、涂改人、原文內容、涂改后的內容、涂改原因。最后，憑證涂改后，應由有關負責人、會計或相關部門簽字暗號，以示涂改是有效并屬實的。

綜上所述，單位自制原始憑證有涂改時，應根據有關規定和制度，嚴格遵照原始憑證的形成要求，在涂改章上記錄涂改的日期、涂改人、原文內容、涂改后的內容、涂改原因，以及由有關負責人、會計或相關部門簽字暗號，確保涂改是有效的、真實和合法。

拓展知識：

會計憑證是會計業務活動的記載，它是會計業務活動產生的有效證據，是會計報表數據來源，其重要性無需多言。因此，憑證的準確性是會計簿記的基本要求，它反映了會計業務活動的真實、合法和完整性，是證明會計業務活動的有效依據。