清包工程與甲供工程的最大區別在于責任劃分不同。

清包工程指的是投資方、施工方或者設計方，把工程拆分成多個單項工程，以套餐的方式，把這些單項工程清單統一交給一個施工單位或者設計單位統一進行施工和結算。清包工程的施工單位或者設計單位，可以選擇專精化的公司或一般建筑公司，本身類似一個負責統籌施工、把全部過程連接起來的“總包”（General Contractor），但它本身的施工能力可能有限，可以選擇多個單體施工單位來完成包工的各個單項工程，使用清包工程的施工單位可以減少質量監督和結算的工作量，提高工程效率和質量。

甲供工程指的是投資方、施工方或者設計方，把工程拆分成多個單項工程，以招標的方式，分項交給多個施工單位或者設計單位，由施工單位或者設計單位自行負責進行施工和結算，施工單位可以選擇多個單項工程的施工單位，以保證工程質量。甲供施工單位或者設計單位可以選擇更專業的施工單位或者設計單位，但施工效率可能會受到部分影響，因為需要統一進行質量監督和結算。

總的來講，清包工程能夠由投資方更好的控制施工過程，提高工程效率，而甲供工程可以保證工程質量，但會增加投資方的質量監督和結算工作量。

拓展知識：清包工程和甲供工程也有共同點，就是都是把工程拆分成多個單項工程，把這些單項工程交給施工單位或者設計單位進行施工，因此都能夠節省施工成本和推進施工進度。