物流公司運費做賬主要指運費的核算，是企業記賬中一個比較重要的內容，其賬務處理主要包括兩個方面：確定和核算運費的應付賬款以及應收賬款。

確定應付運費賬款是物流公司最關心的內容，一般應付運費的記賬過程如下：物流公司將收到的貨物運至目的地后，準備發票給承運人，在記賬中，應付運費應以承運人發出的發票金額為實物，負憑單材料為證據，另外，運費結算不以物流公司的服務實際收費為準，而以收到承運人的發票金額為準，如運費有差異，其差額應由物流公司和承運人協商解決，另外，對于應付運費應提出有發票，沒有發票的，應按統一標準計算。

在確定應收運費賬款時，首先要搞清收費的來源，是收取客戶運費，還是由客戶給予運費補貼，如果是收取客戶運費，應收費的收費依據可以是運費合同，運輸協議等，收費金額以運費合同約定的金額為準，而如果是客戶給予運費補貼，應收費的收費依據可以是客戶給物流公司的補貼憑單，補貼方式可以是以現金方式補貼，也可以是折扣補貼等。

要記賬，運費做賬就不能缺少，而物流公司的運費做賬有自己的規律，只要按照運費做賬流程進行處理，不僅可以確保運費賬務的準確性，還可以做到賬務精準、高效，為物流公司以及客戶創造更多價值。

拓展知識：有時候，客戶會要求對運費進行賬務處理，此時，物流公司可以和客戶簽訂運費賬務對賬單，開票和收款后，把運費賬務處理記錄在這份對賬單中，物流公司可以根據對賬單的記錄內容，對貨物的數量、重量、大小等進行處理，以確定應收運費的金額，同時也可以計算出客戶的運費補貼金額，以便快速準確地進行核算，既簡化了運費處理流程，又可以有效地監管客戶的運費補貼；在對賬單簽字后，物流公司和客戶可以及時更新運費的賬務處理信息，保證賬務管理的準確性。