行政事業單位往來資金控制主要有以下幾種方法：

1.完善相關規章制度。對于行政事業單位的資金收支情況，應當完善相關規章制度，嚴格落實審批手續，規范資金管理，實行“兩權分離”的財務管理制度，確保行政事業單位的資金往來符合法律法規。

2.強化對資金流動的監督管理。可以采取全面的賬務及業務審核，提高審計效率，細化審計分工，嚴格審計程序，提高支出審核要求，限制預算外支出行為的發生，實行聯合審計，深入挖掘行政事業單位的往來資金問題，加大對往來資金合規程序的監督控制。

3.建立健全財務預算管理制度。行政事業單位應當建立健全財務預算管理制度，設立財務預算審批委員會及業務審批工作組，建立預算執行審核機制、收支核算機制、資金使用監管機制，有效控制行政事業單位的資金流動，確保其財務預算的合理性和實施的有效性。

4.精細化的收支控制。應當精細化的收支控制，開展檢查查賬，實施支出細分控制，加強資金的流向與使用的高度統計。

拓展知識：此外，還可以加強預算執行的監督管理，加強對支出合同的管理，強化數據開放與審計監督，加強對行政事業單位的審計工作，以保證行政事業單位的資金往來按照相關法律法規執行，確保財經安全。