員工墊付公司費用的科目應該為“借方：應付職工費”，“貸方：現金”。”

具體來說，在會計核算中，關于員工墊付公司費用的核算科目如下：借方科目：應付職工費，貸方科目：實際發生的公司費用，如其他應付款，房租支出等。

而應付職工費是指公司應當付給職工的費用，主要包括職工工資、勞務報酬及福利費等，按照會計核算原則，應付職工費發生后，應記入應付職工費這個借方科目，貸方科目為現金，在發放職工費用時，現金的余額減少或銀行賬戶的余額減少。

因此，員工墊付公司費用應記入“借方：應付職工費”，“貸方：現金”，墊付公司費用的員工可以根據公司規定或經理安排，把公司的費用從個人賬戶支出，而在公司進行核算時，應計入應付職工費科目，公司向職工返還時，又記入現金或銀行存款賬戶，把費用的流動記錄合計計入應付職工費科目，并記入現金賬戶或銀行賬戶以實現平衡核算。

拓展知識：應付職工費不僅涉及職工的工資和勞務報酬，還包括個人所得稅、社保費等費用，這些費用應根據費用發生和支付的情況，按時結算，以免產生結算差額。