自然人代開經營所得匯算清繳是一項企業和自然人之間的稅務程序，它規定自然人可以以其名義代開經營性發票，同時為企業提供增值稅，所得稅應納稅義務。

自然人代開經營所得匯算清繳應該做的步驟如下：

一、繳納增值稅及附加稅：增值稅及附加稅收入應按規定的期限進行繳納，注意填寫增值稅和附加稅繳納表。

二、充分準備納稅表：準備納稅表，確保數據準確無誤，納稅表應包括企業基本情況、本期經營所得、應交稅金等。

三、報送匯算清繳申請：準備完畢后，按照有關規定進行報送匯算清繳申請，在報送匯算清繳申請時，確保報稅表準確，該申請由當地稅務部門審核。

四、核實稅費后支付：審核完畢后，根據匯算清繳申請，自然人應當按照稅務部門核定的應納稅款支付，以確保稅款的規范繳納。

五、提交匯算清繳憑證：完成稅款支付后，自然人需要提交匯算清繳憑證，以便稅務部門核實稅款已經及時繳納，匯算清繳憑證由企業準備。

六、報送年度報表：完成匯算清繳后，自然人還需要按照有關規定及時報送年度報表，以報送財務情況，以便稅務部門審核檢查。

拓展知識：在自然人代開經營所得匯算清繳過程中，自然人應當注意不同稅類之間的聯動效應，以及增值稅稅率、稅收基數等信息的變化，以確保稅收申報的準確性和有效性。此外，自然人還需要定期關注有關稅務政策的變化，以便及時更新稅法知識，及時繳納稅款。