分公司注銷和清理總公司的往來的步驟是：

1、股東會召開，確定分公司注銷的決定。

2、清理分公司的全部資產。首先，核對分公司的資產，包括財產、債務、購買和出售款項、物品等，然后核查和登記全部資產。

3、全面收回總公司的資產，包括原材料、完工產品、備件及其他資產。

4、終止分公司與總公司的合同。確定和總公司簽署的合同項下的義務和權利，并將相關的金額結算完畢；清理未簽署的合同，并將未來雙方權利義務一并終止。

5、結清分公司的財務業務。核對分公司的賬務，結清和總公司的財務帳務；關閉營業稅種號，報章注銷，停止開具發票，并向稅務機關申辦結算報告等業務。

6、營業執照的注銷。向注冊部門提出注銷申請，將所有相關資料一并提交，等待注銷章程和章程的備案。

拓展知識：

以上是清理分公司與總公司往來的正規流程，但是清理分公司與總公司往來無疑是一項繁瑣的工作，容易出現很多漏洞，例如，有可能會有一些合同還未完全清理，也有可能會有一些資產未結消，等等。對于這些情況，應該設立一個專門的清理小組，對清理工作進行嚴格的審查，以確保清理工作的質量，并盡快完成清理工作。