一般情況下，母子公司是指公司在擁有公司股權的同時它還持有另一個獨立公司（子公司）的股權，成為母公司，母子公司之間可以有資源共享，也可以實施專業管理。因此，員工是否可以在母子公司分別發放工資，要看該具體情況而定。

如果母子公司是作為一個整體運作的，它們不同的部門都有共同的人力資源管理政策和操作流程，那么母子公司很有可能會實行同一個支付系統，也就是說，員工可以在母子公司一起發放工資。

但是，如果母子公司彼此獨立，每個公司都有自己的人力資源管理政策和操作流程，那么母子公司可能就不會實行同一個支付系統，大部分公司都會采取分別發放工資的做法，即母子公司可以分別發放工資。

總的來說，員工是否可以在母子公司分別發放工資，要看母子公司兩者的具體情況而定。如果母子公司是一個整體運作，擁有共同的人力資源管理政策和操作流程，那么它們最有可能實行同一個支付系統。反之，如果母子公司彼此獨立，每個公司都有自己的人力資源管理政策和操作流程，那么母子公司最有可能是分別發放工資。

另外，對于母子公司而言，可以在母子公司之間進行資源共享，及時響應市場變化，從而提高效率和整體業績。母子公司也可以發放集團分紅，使母子公司之間的財富共享。綜上所述，母子公司是有很多好處的，在充分利用母子公司的優勢的前提下，只要結合特定情況，合理地運用母子公司結構，企業可以取得更大的成功。

拓展知識：母子公司的實質就是相關方投資關系，兩家企業彼此之間有一個穩定的投資關系，投資方有權控制被投資方的經營決策，這就形成了母子公司的雙向控制結構。在我國，母子公司通過投資方財務關系控制子公司的經營，但兩家公司仍然是保持獨立性的，有自己獨立的公司名稱、編號、組織機構和財務報表。