行政事業單位借入資金賬務處理，包含以下幾個方面：

一、借入資金的確定與確認

要做好借入資金管理工作，首先要確定借入的資金來源，是政府財政經費，還是其他機構給予的貸款，還是捐款、募款等。確定后，要及時記錄在案，編制來源明細報表，并經由負責人審核簽字，使具有法律效力。

二、借入資金的內控

借入資金的內控監督，是檢查是否按照規定的用途使用借入資金的重要手段之一，因此要充分注意檢查與審核，以確保借入資金嚴格按照規定用途使用。

三、借入資金的賬務處理

借入資金的賬務處理涉及記賬、報表等方面，要特別注意：1）記賬時要根據實際情況，按照不同貸款的條件，科學、合理地設立款項專戶，有助于認真檢查和加強內控；2）編制相關報表，及時、準確地反映賬務狀況，為決策部門提供參考；3）有效地使用電票、財政專戶等財務信息系統，及時反映財務狀況，給予更多的分析和決策依據。

四、借入資金的還款

有效地做好還貸工作，是行政事業單位借入資金管理的重要環節，要加強對還款資金的管理，減少還款誤差，確保貸款按期還款，避免逾期還款和拖欠影響貨幣信用和流動性。

拓展知識：同時，行政事業單位還要認真履行財政收支及財務報表公開制度，對借入資金財務報表全面、準確、及時地完成公開，并積極加強財務報表的審計監督，加強對財務狀況及運行結果的審核，以便及時發現財務狀況的變化，做好風險預警和綜合管理。