質押式回購與質押式協議回購最直接、最明顯的不同是回購標的資產的形式和來源的不同。質押式回購的標的資產是其他金融資產，來源于中央銀行或第三方金融機構（如證券公司和基金公司）。質押式協議回購的標的資產來源于證券服務商，常以可轉換證券和公司債券為標的資產，只有在金融市場完善的條件下，才能實施質押協議回購。

此外，質押式回購和質押式協議回購的回購利率也有所不同。質押式回購的利率相對較低，通常低于同期市場利率；而質押式協議回購的利率則會根據當時市場實際情況而定，以保證市場信息的有效傳達，也使得質押式協議回購具有較高的流動性和可變性。

最后，質押式回購和質押式協議回購的交易也有所不同。質押式回購是一種即期交割交易，交易日當天完成；而質押式協議回購可以多次進行，并不一定非要在指定日期進行回購，可以在交易日當天或者更晚的時間進行回購。

拓展知識：質押式回購與質押式協議回購是政府、商業銀行和期貨公司使用貨幣市場工具來實現貨幣政策實施的重要手段，它們也是在貨幣市場中的主要交易形式，是實現政府、商業銀行和期貨公司之間資金調撥，資金流轉，保證貨幣市場的流動性，平衡全國的收支，促進經濟穩定發展的有效工具。