公允價值套期保證金和現金流量套期保證金是各自獨立的保證金系統，他們在本質上存在很多差異。

首先，公允價值套期保證金包括現金流量套期保證金的所有成份，而現金流量套期保證金只有應收票據和應收現金，就沒有其他的，如證券和其他金融資產等。

其次，現金流量套期保證金中的主要成份是應收票據和應收現金，它們本身就是流動性較強的金融資產，而公允價值套期保證金中還包括證券和其他金融資產，它們的資產流動性較弱，因此投資者應該關注它們的流動性，合理管理應收票據和應收現金及其他資產能否保證資產正常流動。

第三，公允價值套期保證金的投資組合是可以調整的，投資者可以根據市場變化，重新組合投資，以適應市場的發展，而現金流量套期保證金的投資組合是不可調整的。

拓展知識：套期保證金又可以分為直接套期保證金和間接套期保證金。直接套期保證金是把資金投資于金融市場上的流動性較強的資產，而間接套期保證金是把資金投資于財務市場上的流動性較低的投資資產，如基金、債券等。