匯算清繳期滿后取得合法憑證處理的主要步驟如下：

1、根據稅務機關下發的匯算清繳文件準備好匯算清繳所需的帳戶、稅務登記證書等相關資料和資料證明。

2、辦理匯算清繳，報送匯總報表，繳納匯總報表涉及的稅款和征收率，具體稅款和征收率等應按照稅務機關行使管理權限下發的通知而定。

3、向稅務機關申請匯算清繳憑證，填寫申請表，提供合規備案的相關資料，如財務報表、組織機構代碼證明等，繳納匯算清繳費用，等待稅務機關審核及發放匯算清繳憑證。

4、收到匯算清繳憑證后，正式清盤，完成匯算清繳手續，此時取得合法憑證。

拓展知識：什么是匯算清繳

匯算清繳是稅務機關根據稅法和稅務政策，結合實際情況對納稅人合并報稅或分攤報稅，對稅款進行匯總計算、收繳、核定、處理的辦法。通常稅務機關會在一定的時間節點對財務會計核算的稅款進行匯算清繳，即合并企業間的稅款收支，形成匯總額，然后歸屬每個納稅人的稅款金額。