民間非營利組織的凈資產核算內容主要有：

一、核算其資產：盤查、核實組織的各資產，確定資產的數量、質量和價值，清查出在期末其不可抵銷資產的賬面價值，以及可抵銷資產，如現金、存款、表內應收賬款等可抵銷資產的數額。

二、計算其負債：盤查、核實組織所擁有的各負債，確定其期末賬面價值，并開支確定是否可以抵銷資產的賬面價值，對可抵銷資產的賬面價值進行核算，并計算出期末可抵銷資產的當前價值。

三、計算其凈資產：根據資產及負債的賬面價值計算凈資產的賬面價值，即凈資產賬面價值（以及現金凈資產）等。

四、對凈資產進行審計：應該給凈資產審計出一份審計報告，內容應包括組織資產的基本狀況、核算準則、具體核算過程和凈資產的具體價值。

拓展知識：民間非營利組織凈資產的審計核算，除了組織內部控制的審計外，還應當通過專業的審計機構來完成審計工作，在審計核算過程中，審計人員對資產、負債、收入和支出等重要財務信息進行全面的審計，確保凈資產核算的真實、準確，為組織和捐贈者提供有效的決策依據。