事業單位與其他單位簽訂協議應當按照相關法律規定的會計準則，確定各自的會計科目和會計分錄，并做出準確的記賬。

1）簽訂協議時，應按照法定會計準則記錄收入和支出的數額，例如收到費用、付費用等，如果有預付款項，則應在貸方分錄上做出標識。

2）將協議納入會計科目，應根據協議內容、帳戶分類標準以及協議約定的收付條款等相關元素，將協議納入有關科目，一般納入應收帳款或應付帳款。

3）如果協議既有收入也有支出，則登記時應分別將收入和支出分別記錄入財務系統，并應在有關賬戶上做出記賬記錄。

4）協議實施后，根據協議內容變更、財務報表變更，應隨時對賬戶進行校對和調整，以保持會計憑證的準確性和可比性。

拓展知識：

執行上述會計處理過程時，需要遵守兩個基本原則：保密原則和原始憑證原則。保密原則要求會計信息的敏感性，嚴禁泄漏有關的會計信息；原始憑證原則要求會計記錄應以原始憑證為基礎，憑以原始憑證證實的事實，才是進行會計核算的有效依據。