1、首先，個人獨資企業的核定征收工資薪金應當依據《個人獨資企業及其關聯單位工資薪金稅收征收管理細則》，進行辦理。根據該細則，個人獨資企業及其關聯單位的工資薪金應當按照個人所得稅征收規定，在發放工資薪金時，按月計算納稅人當月的應稅額，并應當分別在由個人獨資企業支出的各月工資薪金用工資薪金支付稅款、由個人支出的各月工資薪金中支付稅款的順序中，先支付稅款。

2、其次，個人獨資企業核定征收工資薪金時，應當根據《個人獨資企業及其關聯單位工資薪金稅收征收管理細則》，依法辦理個稅申報手續、繳納個人所得稅等事宜。根據該細則，個人獨資企業應當在每月15日報送上月末工資薪金等薪酬的繳納內容及實際繳納情況，個稅申報應在每月20日前報送，并按要求繳納應納稅額。

3、最后，在核定征收工資薪金時，還需要遵循國家規定，制定有效的內部管理制度，并建立相應的財務管理、內控機制，每月定期結算實際費用，以保證合規性。

拓展知識：在辦理個稅申報、繳納個人所得稅等事宜時，個人獨資企業還要遵循《中國稅收籌劃和匯算清繳暫行條例》，按照規定進行稅收籌劃和匯算清繳。同時，個人獨資企業要建立完善的合規監督體系，遵守納稅義務，不得采取避稅行為，確保企業的可持續經營及納稅義務的履行。