高新企業研發項目收入和成本處理主要有兩種方法，即按負債分配法和按利潤分配法。按負債分配法即按照高新企業與其研發合作伙伴在合同中訂立的負債方案，把研發費用中的負債部分與研發收入部分分別分配給研發合作伙伴。

按利潤分配法即按高新企業與其研發合作伙伴在合同中確定的收入比例，把高新企業的收入中研發收入部分按比例分配給研發合作伙伴，而高新企業則負責處理研發收入部分以外的收入。

總之，在處理高新企業研發項目收入和成本時，關鍵在于理解合同條款，分清收入和成本，確定研發費用的分配模式，并合理處理高新企業及其研發合作伙伴的收入和支出。

拓展知識：除了按負債分配法和按利潤分配法外，高新企業還可以采取共同投資的方式，對研發收入進行分配。共同投資是指高新企業與研發合作伙伴合并對項目進行投資，進行資金管理和流動、共同受益，以及分享收入和支出。這種方式能夠有效地降低高新企業的風險，同時又能夠合理地分配合作伙伴的利益。