單獨修建營銷設施費在清算中的扣除處理，首先是要從實際情況出發，根據營銷設施本身的使用情況，相應支出科目建立，例如修建營銷設施費支出明細及扣除情況等，在支出中扣除營銷設施的修建費用，以使本季度的清算順利完成，不影響下季度的正常營業。

在清算中，修建營銷設施的扣除處理要按照公司會計準則的要求，以工程的實施完成后來處理支出。另外，還要根據營銷設施的修繕等情況來進行有效的財務管理，以及要扣除好實際發生的經營支出，并且進行有效的報表管理，妥善處理費用記賬有效性，避免發生會計上的不規范和嚴重情況。

此外，在實施支出清算時，還要對針對營銷設施修建進行有效的資金流動監管，以確保因此產生的資金支出報表所示的準確性，以避免清算工作產生風險。當營銷設施的修建完成，不再產生未使用耗資的現象時，此時就可以對該支出進行清算處理。

拓展知識：

修建營銷設施的支出，還可采用固定資產核算，就是將營銷設施的修建支出納入固定資產核算，將其納入固定資產核算方法，核算為折舊支出，減少稅款的負擔。另外，還可以采取租賃的方式，將一部分營銷設施的支出及折舊稅款另外納入租賃支出抵扣，以減少稅款的開支。