同一控制下企業合并支付對價的差額處理，是指在同一控制下企業間發生貨物或提供服務交易，由一方按照雙方約定價格支付給另一方應付款時，由于雙方價格不同而產生的差額處理。

針對企業間的差額處理，可以通過實際收支明細的確認以及實際款項支付程序來處理。首先，在雙方確定價格交易前，要充分磋商，確定交易價格，達到雙方同意的價格水平，以避免出現差額的情況；其次，在確定后的交易過程中，要確認雙方的收支明細，具體記錄以及登記，確認雙方的實際交易價格；最后，根據確認的實際價格支付款項，處理款項差額。

另外，企業間處理差額的過程中，還應當注意以下幾點。首先，應當遵守企業間的法律法規，依法進行價格定價，以免發生無法支付的情況。其次，要完善企業間賬務處理的有關制度，嚴格實施，確保賬務處理的規范性，避免產生差額；最后，企業間要優化完善支付系統，提升財務處理的效率，確保及時支付款項，準確無誤地處理差額。

拓展知識：從成本賬戶體系的角度來看，同一管理下的企業合并支付差額的處理，應從成本賬戶體系的建立入手，從分攤成本的角度核算支付差額，以準確記錄企業間交易過程中發生的有效成本。