是的，電子客票行程單可以抵扣進項。根據《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第三十三條規定，企業用于營業稅、增值稅納稅檢查的合法支出包括旅客運輸服務費、貨物運輸服務費以及其他費用。另外，根據《中華人民共和國企業所得稅法》第三十四條規定，企業可以結合營業稅、增值稅納稅檢查的要求，出示出行的有效憑證作為費用抵扣的憑證。

因此，當員工出差取得電子客票行程單時可以作為費用抵扣的憑證，從而可以抵扣進項。為保證企業的發票管理正確有效，使用電子客票行程單做為抵扣的憑證是必要的。

電子客票行程單是現代交通服務行業提供的綜合性服務，它能夠快捷準確地向顧客提供改簽、退票、座位預留、行程查詢等服務，使顧客可以根據自身的出行要求，輕松購買機票、船票、火車票等服務，并可以便捷地查詢服務進度以及服務狀態，極大提高了出行的便利性、安全性及可控性。

一般來說，電子客票行程單可以在交通運輸服務提供商處購買，如航空公司、鐵路公司、公路客運公司等。同時，它還可以通過一些旅行服務網站直接購買，從而更加方便地進行出行服務的購買、使用及管理。

總之，電子客票行程單是企業出差取得的有效費用憑證，可以作為抵扣進項的有效憑證，有利于企業合理管理發票。

拓展知識：電子客票行程單還可用于航空客票變更、退票及延誤賠償服務，可以查詢乘客行程信息，進行航班的改簽、退票等操作，并且擁有各種服務保障，如機票取消服務、補償費服務等，使乘客能夠輕松出行。