子公司的盈余公積在合并財務報表時，是需要抵消的。這是因為，合并財務報表的目的是反映集團公司作為一個整體的經濟活動和財務狀況。子公司的盈余公積是子公司自身的留存收益，已經在母公司的投資收益中反映出來，如果再次計入合并財務報表，就會導致收益的重復計算。

具體來說，子公司的盈余公積在合并財務報表時的處理步驟如下：首先，將子公司的盈余公積計入母公司的投資收益；然后，將子公司的盈余公積從子公司的財務報表中剔除；最后，將母公司的投資收益和子公司的財務報表合并，形成合并財務報表。

需要注意的是，這種處理方式只適用于全資子公司或者控股子公司。對于聯營企業或者少數股權投資，由于母公司并不完全控制這些企業，因此不能將這些企業的盈余公積計入母公司的投資收益，也不能在合并財務報表時將其抵消。

拓展知識：盈余公積是公司留存收益的一部分，主要用于彌補公司的虧損或者擴大再生產。根據中國的會計制度，公司的盈余公積主要包括法定公積金、公益金、補充流動資金等。其中，法定公積金是公司必須提取的，其余的公積金可以根據公司的實際情況和股東大會的決議來提取。