事業單位的撥款方式主要有兩種，即差額撥款和全額撥款。

差額撥款，是指事業單位在預算執行過程中，自主收入不能覆蓋支出的部分，由財政部門予以補助的撥款方式。也就是說，事業單位可以通過自主收入來支付部分支出，財政部門只補助其收支差額。這種方式鼓勵事業單位提高自主收入，減輕財政負擔。但是，由于財政補助的金額與事業單位的自主收入成反比，可能會導致事業單位對提高自主收入的積極性不高。

全額撥款，是指事業單位的全部支出都由財政部門予以撥款，事業單位無需通過自主收入來支付支出。這種方式可以保證事業單位的正常運行，避免因自主收入不足而影響服務質量。但是，由于事業單位無需承擔經濟風險，可能會導致其對提高效率和節約成本的積極性不高。

總的來說，差額撥款和全額撥款各有優缺點，適用于不同的情況。差額撥款適用于自主收入較高，能夠承擔一部分經濟風險的事業單位；全額撥款適用于自主收入較低，需要財政部門全力支持的事業單位。

拓展知識：在我國，事業單位的撥款方式還包括項目撥款。項目撥款是指財政部門根據事業單位的具體項目或任務，按照預算撥款的方式。這種方式可以更好地監控和控制事業單位的支出，提高財政資金的使用效率。但是，由于項目的確定和執行需要一定的時間，可能會導致事業單位的資金使用不夠靈活。