企業合并形成的長期股權投資，應當在合并日按照被合并方所有者權益在最終控制方合并財務報表中的賬面價值的份額作為長期股權投資的初始投資成本。即按照被合并方所有者權益在最終控制方合并財務報表中的賬面價值的份額作為長期股權投資的初始投資成本。

具體賬務處理時，劃入方按所享有的被劃轉企業劃轉日所有者權益賬面價值的份額，借記“長期股權投資”科目，按集團總部對其增加的投資額，貸記“實收資本”科目，按其差額調整資本公積(資本溢價或股本溢價)；資本公積(資本溢價或股本溢價)的余額不足沖減的，調整留存收益。在現實情況中，由于被劃轉企業的所有者權益賬面價值有為正數的情況，也有為負數的情況，因此，劃入方在確認長期股權投資的初始成本時，又有不同的確認方法。

（1） 被劃轉企業所有者權益為正數時的賬務處理。被劃轉企業所有者權益為正數時，劃入方應按所享有的被劃轉企業劃轉日所有者權益賬面價值的份額直接確認長期股權投資初始投資成本。

（2）被劃轉企業所有者權益為負數時的賬務處理。

在被劃轉企業所有者權益為負數的情況下，劃入方應按所享有的被劃轉企業劃轉日所有者權益賬面價值份額，借記負的長期股權投資。但是，以負數形式反映企業的長期資產，顯然是不符合資產的確認條件。因此這種情況下，劃入企業確認的長期股權投資最低只能為零。對于被劃轉企業劃轉日負的所有者權益與零之間的差額，既不符合負債的確認條件也不符合權益的確認條件，因此應在賬外備查登記。