設置“內部往來”一級科目，借方反映公司與分公司或者分公司之間應收、預付、其他應收及轉銷的款項；貸方反映應付、預收、其他應付及轉銷的款項；借方余額反映應收內部單位款項，貸方余額反映應付內部單位款項。

對“內部往來”科目的設置，一方面要考慮內部匯總會計報表的方便，另一方面還應考慮各公司對外的會計報表的編制要求。一般情況下，可在“內部往來”一級科目下，按款項性質分別設置“應收賬款”、“應付賬款”、“其他往來款”三個二級明細科目。

銷售貨物、提供勞務的款項記入“應收賬款”；購買貨物、接受勞務的款項記入“應付賬款”；其他款項記入“其他往來款”。在二級明細科目下再按公司和分公司分別設置三級明細科目。由于設置三級明細科目，期末各公司內部往來款余額需從“應收賬款”、“應付賬款”、“其他往來款”三個二級明細科目中的相關數字進行加總才能取得，因此，其核對工作量仍較大。公司一般都具有掌握與控制分公司資金的管理職能，公司可以規定各分公司之間的內部往來都要通過公司進行轉賬核算。這樣，既有利于公司掌握與控制各分公可內部往來款情況，防止各分公司之間非正常的資金往來，又省卻了和分公司之間往來款余額的核對工作，只要公司核對其與各分公司的往來款余額即可。如此，各分公司在“內部往來”科目下，只要設置“應收賬款”、“應付賬款”、“其他往來款”三個二級明細科目即可。