由于行政事業(yè)單位的資金管理必然涉及到預(yù)算的管理，而預(yù)算的管理是分級次的，所以在談到行政事業(yè)單位的資金管理時，必須明確是哪一預(yù)算級次的資金管理。不同級次的預(yù)算單位具有不同的資金管理職責(zé)權(quán)限。

現(xiàn)行行政事業(yè)單位的預(yù)算管理級次分為三級，即：

1．一級預(yù)算單位。

它直接向同級財政部門編報預(yù)算，領(lǐng)撥繳銷預(yù)算資金。有些一級預(yù)算單位，同時負(fù)責(zé)核定所屬單位預(yù)算，向所屬單位轉(zhuǎn)撥匯繳預(yù)算資金，也稱為主管預(yù)算單位。

2．二級預(yù)算單位。

它向上一級預(yù)算單位或上級預(yù)算單位編報預(yù)算，領(lǐng)撥繳銷預(yù)算資金，并負(fù)責(zé)核定所屬單位的預(yù)算，向所屬單位轉(zhuǎn)撥匯繳預(yù)算資金。

3．三級預(yù)算單位，也稱基層預(yù)算單位。

它向二級預(yù)算單位或直接向一級預(yù)算單位編報預(yù)算，領(lǐng)撥繳銷預(yù)算資金，沒有所屬預(yù)算單位。

行政事業(yè)單位預(yù)算管理，包括全額預(yù)算管理、差額預(yù)算管理和自收自支管理。

1．全額預(yù)算管理：即沒有穩(wěn)定的經(jīng)常性業(yè)務(wù)收入或收入較少的(一般占單位經(jīng)常性支出的百分之三十<不含>以下)，各項支出全部或主要由國家預(yù)算撥款供應(yīng)的單位，實行全額預(yù)算管理。

(1)對全額預(yù)算管理單位實行多種形式的預(yù)算包干、結(jié)余留用、超支不補的預(yù)算管理辦法。主要形式有：經(jīng)費和任務(wù)掛鉤，一年一定；核定基數(shù)，比例遞增(減)；包死基數(shù)，一定幾年等。各單位可結(jié)合本單位實際情況，報經(jīng)主管部門或財政部門批準(zhǔn)，執(zhí)行其中某種管理形式。如支出經(jīng)費全部包干，結(jié)余留用，超支不補。即國家財政根據(jù)財力可能，按照單位的基數(shù)和定額，核定單位年度預(yù)算，由單位包干使用，在預(yù)算執(zhí)行中，除特殊原因外，不予調(diào)整預(yù)算，年終結(jié)余留用，超支不補。又如支出經(jīng)費部分包干，包干部分結(jié)余留用。即國家財政把單位支出中的某些項目費用核定定額包干使用，在保證完成包干項目計劃和任務(wù)的前提下，包干項目的費用結(jié)余留給單位按規(guī)定支配使用。其余未包干項目按核定定額安排使用。

(2)對有條件逐步向差額預(yù)算管理過渡的全額預(yù)算管理單位，單位主管部門和財政部門應(yīng)促其向差額預(yù)算管理過渡。即凡是有一定收入的全額預(yù)算管理單位，財政部門應(yīng)會同單位主管部門對其收入規(guī)定一定的比例或數(shù)額，抵頂事業(yè)費預(yù)算撥款。

2．差額預(yù)算管理：指有一定數(shù)量的穩(wěn)定的經(jīng)常性業(yè)務(wù)收入，但還不足以解決本單位的經(jīng)常性支出，需要財政補助的事業(yè)單位，則實行差額預(yù)算管理。

(1)對差額預(yù)算管理單位實行核定收支、定額(或定項、差額)補助、增收節(jié)支留用、減收超支不補的辦法。

一是定額補助，結(jié)余留用。即國家財政對于支大于收的預(yù)算單位，根據(jù)其收入和支出的情況，選擇一個特定的業(yè)務(wù)計墾單位(如醫(yī)院的病床數(shù))，核定基數(shù)，確定補助定額，計算同年度差額補助數(shù)，由國家預(yù)算撥款定額補助，由單位安排使用，自求平衡，結(jié)余留用。

二是定項補助，結(jié)余留用。即財政部門對事業(yè)單位的全部收支進行管理，根據(jù)收支情況，確定一個或幾個支出項目，按照基數(shù)和定額，核定單位年度預(yù)算補助數(shù)額，其余項目的支出，由單位業(yè)務(wù)收入抵支，結(jié)余留用，超支不補。

三是差額補助，結(jié)余留用。即國家財政核定單位收支預(yù)算，單位收入抵補其支出后的差額，由財政撥款補助，年終結(jié)余由單位自行安排使用。

(2)對有條件逐步向自收自支管理過渡的差額預(yù)算管理單位，應(yīng)逐步減少事業(yè)費補助，在其主管部門會同財政部門規(guī)定的年限內(nèi)達(dá)到經(jīng)濟自主，實行自收自支管理。

3．自收自支管理：即有穩(wěn)定的經(jīng)常性收入，可以解決本單位的經(jīng)常性支出，但尚未具備企業(yè)管理條件的事業(yè)單位，實行白收自支管理。主要包括以下五種形式：

(1)對自收自支管理單位實行核定收支、增收節(jié)支留用、減收超支下補的辦法。

(2)收入大于支出較多的單位，在核定其收支數(shù)時規(guī)定其收入的一部分上交財政，或上交主管部門。上交主管部門的部分可抵頂財政對該部門的事業(yè)費撥款，具體核定比例或數(shù)額由財政部門會同單位主管部門確定。

(3)實行自收自支管理的事業(yè)單位，其單位的事業(yè)性質(zhì)不變，職工的工資、福利待遇等均執(zhí)行國家對事業(yè)單位的有關(guān)規(guī)定。

(4)實行自收自支管理的事業(yè)單位仍屬預(yù)算內(nèi)事業(yè)單位，按照國家規(guī)定編報年度財務(wù)收支計劃和決算，接受財政、審計等監(jiān)督。

(5)對有條件向企業(yè)管理過渡的自收自支管理單位，其主管部門和財政部門應(yīng)規(guī)定期限，促其實行企業(yè)管理。實行企業(yè)管理后，執(zhí)行國家對企業(yè)的有芣規(guī)定。