建筑業的差額征稅是原先營業稅時代，建筑行業重要的流轉稅政策。嚴格來看，建筑業改為增值稅后，按照一般征收的原則，應該不需要保留差額征稅的政策，直接按銷項稅-進項稅即可。但是，基于如下幾方面原因，營改增后，建筑行業在增值稅下仍存在如下幾種情況下的簡易征稅（類似營業稅總額征稅的方法），因此，差額征稅政策仍然需要保留：

1、開工日期在2016年5月1日前建筑工程老項目；

2、新項目中的甲供工程；

3、新項目中的清包工；

4、建筑工程總承包單位為房屋建筑的地基與基礎、主體結構提供工程服務，建設單位自行采購全部或部分鋼材、混凝土、砌體材料、預制構件的，適用簡易計稅方法計稅；

5、除此之外，無論是建筑業一般計稅，還是簡易計稅，如果屬于異地工程需要在外地預繳增值稅時，也涉及到差額后預繳問題，即建筑業異地預繳，需要按照其取得全部價款和價外費用減去支付的分包款，分別按2%（一般計稅）或3%（簡易計稅）在異地預繳增值稅。

這次的31號公告進一步明確了建筑業分包差額征稅的扣除問題，即：

納稅人提供建筑服務，按照規定允許從其取得的全部價款和價外費用中扣除的分包款，是指支付給分包方的全部價款和價外費用。

而總局針對31號公告的解讀中，進一步說明了出臺這條規定的原因實際上主要就是要解決建筑業增值稅分包差額征稅中，貨物價款能否扣除的問題。

實際上，這個問題在原先營業稅下就一直存在，《國家稅務總局關于納稅人銷售自產貨物提供增值稅勞務并同時提供建筑業勞務征收流轉稅問題的通知》（國稅發[2002]117號）專門就明確過這個問題。后期這條規定被納入了2009年修訂實施的《增值稅暫行條例實施細則》和《營業稅暫行條例實施細則》中，同時，國家稅務總局在2011年又專門出臺了13號公告明確了其中的一些操作細則。