1、收入核算：

企業與科研單位的財務目標是不同的。企業是以經濟效益為主，科研單位則是以科研成果為主；企業能在很短的時間內實現經濟效益，而科研院所則不能。投放于科研院所的經費，要在很長一段時間之后才能見效，能立即見效的非常少。科研院所進行科學研究，在產生社會效益的同時，也無法忽略經濟效益，只不過兩種效益的產生都需要很長一段時間。

長期以來，由于科研院所的公益性質，其創收壓力小，國家監管力度也相對較小，導致科研院所的收入管理中存在條款不清晰，資金短缺或利用率不高，創收的意識不夠等問題。在事業單位體制改革的不斷深化中，必然要求科研院所等事業單位加強對于經濟收入的核算，以緩解自身的資金壓力，為國家財政減輕負擔。

2、應收應付款核算：

現在許多科研單位某些收入類款項，未作收入入帳，將其列入應付款核算；其他應付款是應付其他單位或本單位職工發生的待結算款項，許多單位經常有意無意地將其他應付款科目當作一個人為調節收支的科目，利用應付款項隱瞞、轉移收入，逃避財政、稅務監管。

應收款是單位的一項流動資產，即有它作為資產的現實意義。當職工將款項從單位借出，到支付給提供商品和服務方前，它是以現金形式存在的，符合資產這一定義，可一旦支付給提供商品和服務方，它即失去了資產的性質，變為單位的一項費用支出。因此，當應收款項變成費用支出后，就應及時報賬沖減應收款項，減少單位資產，增加費用支出。這樣才符合及時性的會計核算原則。但有不少單位的借款人履行公務活動后，不及時報賬沖減應收款，致使虛列資產，少記支出，使當期的會計報表不能如實反映單位的真實財務狀況，另外一些單位應收款金額巨大，且掛賬時間長，有的甚至長達幾十年，變為呆賬死賬，已經失去了資產的意義，成為壞賬了。

3、支出科目核算：

目前科學事業單位科研成本支出科目的核算都是按財政部門統一規定和中央預算單位支出經濟分類科目來設置的，而國家的各類科研項目的預算科目沒有嚴格、統一的規定，且與核算科目不一致，在經費預算與核算歸類上存在一定的差距，國家科研項目實行課題預算管理，包括預算編制、預算執行、財務決算、審計驗收等四個主要環節。在預算編制環節．科研人員采用預算科目體系；在預算執行環節． 財務人員使用財政部門制定的會計核算科目體系；在財務決算環節，財務和科研人員協同從核算科目體系重新分類到預算科目體系；在審計環節，審計人員則困惑地在預算科目體系和核算科目體系之間反復切換。

另外，央預算單位支出經濟分類科目的設置也不夠明細，給平時核算帶來一定的難度，很多實際發生的費用無法歸類到一級科目的任何一個科目中，只能放在其他里，而在決算的填報中反復進行調整，這樣就對決算數據的真實性產生了一定影響。

4、固定資產核算：

科研院所進行科學研究，固定資產是物質保證。科研院所的固定資產來源基本靠國家撥款以及專門的科研管理經費，主要的物質表現就是科研設備。