《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)[2008]28號）第六條規(guī)定，就地預(yù)繳，是指總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)按本辦法的規(guī)定，分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報預(yù)繳企業(yè)所得稅。

第七條規(guī)定，匯總清算，是指在年度終了后，總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)進(jìn)行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補(bǔ)稅款。

第十九條規(guī)定，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅，50%在各分支機(jī)構(gòu)間分?jǐn)傤A(yù)繳，50%由總機(jī)構(gòu)預(yù)繳。總機(jī)構(gòu)預(yù)繳的部分，其中25%就地入庫，25%預(yù)繳入中央國庫，按照《財政部、國家稅務(wù)總局、中國人民銀行關(guān)于印發(fā)〈跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理暫行辦法〉的通知》（財預(yù)[2008]10號）文件的有關(guān)規(guī)定進(jìn)行分配。

關(guān)于二級分支機(jī)構(gòu)的判定問題。《國家稅務(wù)總局關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）規(guī)定，二級分支機(jī)構(gòu)是指總機(jī)構(gòu)對其財務(wù)、業(yè)務(wù)、人員等直接進(jìn)行統(tǒng)一核算和管理的領(lǐng)取非法人營業(yè)執(zhí)照的分支機(jī)構(gòu)。

以總機(jī)構(gòu)名義進(jìn)行生產(chǎn)經(jīng)營的非法人分支機(jī)構(gòu)，無法提供有效證據(jù)證明其二級及二級以下分支機(jī)構(gòu)身份的，應(yīng)視同獨(dú)立納稅人計算并就地繳納企業(yè)所得稅，不執(zhí)行《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)[2008]28號）的相關(guān)規(guī)定。

若是跨省（自治區(qū)、直轄市和計劃單列市）成立分公司，對其財務(wù)、業(yè)務(wù)、人員等由總機(jī)構(gòu)直接進(jìn)行統(tǒng)一核算和管理并領(lǐng)取非法人營業(yè)執(zhí)照的分支機(jī)構(gòu)。分支機(jī)構(gòu)應(yīng)按規(guī)定，分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報預(yù)繳企業(yè)所得稅。在年度終了后，總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)進(jìn)行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補(bǔ)稅款。

若分公司獨(dú)立核算應(yīng)視同獨(dú)立納稅人計算并就地繳納企業(yè)所得稅。