既有經營所得又有工資薪金要分別進行匯算。

根據《個人所得稅法》以及國家稅務總局公告2021年第2號相關規定，綜合所得包括工資、薪金所得、勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得。居民個人取得綜合所得，按年計算個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次預扣預繳稅款；需要辦理匯算清繳的，應當在取得所得的次年三月一日至六月三十日內辦理匯算清繳。

納稅人取得經營所得，按年計算個人所得稅，由納稅人在月度或者季度終了后十五日內向稅務機關報送納稅申報表，并預繳稅款；在取得所得的次年三月三十一日前辦理匯算清繳。

所以說，職工個人的工資薪金所得不與經營所得合并匯總進行年度匯算清繳，應分別按規定繳納并辦理匯算清繳。

補充：哪些個人所得需要繳個稅？

個人所得應當繳納個人所得稅的情況有以下九種：

1、工資、薪金所得；

2、勞務報酬所得；

3、稿酬所得；

4、特許權使用費所得；

5、經營所得；

6、利息、股息、紅利所得；

7、財產租賃所得；

8、財產轉讓所得；

9、偶然所得。