一年在兩家公司工作個稅的匯算清繳一般選擇后一個公司進行。

1、 《中華人民共和國個人所得稅法》第九條：個人所得稅以所得人為納稅人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。納稅人有中國公民身份號碼的，以中國公民身份號碼為納稅人識別號；納稅人沒有中國公民身份號碼的，由稅務機關賦予其納稅人識別號。扣繳義務人扣繳稅款時，納稅人應當向扣繳義務人提供納稅人識別號。

2、 《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》第二十八條，居民個人取得工資、薪金所得時，可以向扣繳義務人提供專項附加扣除有關信息，由扣繳義務人扣繳稅款時減除專項附加扣除。納稅人同時從兩處以上取得工資、薪金所得，并由扣繳義務人減除專項附加扣除的，對同一專項附加扣除項目，在一個納稅年度內只能選擇從一處取得的所得中減除。

補充：個稅的匯算清繳主要是哪些情況下要進行？

《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》第二十五條　取得綜合所得需要辦理匯算清繳的情形包括：

（一）從兩處以上取得綜合所得，且綜合所得年收入額減除專項扣除的余額超過6萬元；

（二）取得勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得中一項或者多項所得，且綜合所得年收入額減除專項扣除的余額超過6萬元；

（三）納稅年度內預繳稅額低于應納稅額；

（四）納稅人申請退稅。