公司清算方案確認主要根據公司的相關領導和實際情況做出，具體分析如下：

公司自行清算的，清算方案應當報股（大）會決議確認。人民法院組織清算的，清算方案應當報人民法院確認。未經確認的清算方案，清算組不得執行。

清算組執行未經確認的清算方案給公司或者債權人造成損失，公司、股東或者債權人主張清算組成員承擔賠償責任的，人民法院應依法予以支持。

補充：清算時的留底稅進項稅的處理怎么做？

《財政部、國家稅務總局關于企業清算業務企業所得稅處理若干問題的通知》(財稅〔2009)60號)第三條規定，企業清算的所得稅處理包括以下內容：

一、全部資產均應按可變現價值或交易價格，確認資產轉讓所得或損失，

二、確認債權清理、債務清償的所得或損失，

三、改變持續經營核算原則，對預提或待攤性質的費用進行處理，

四、依法彌補虧損，確定清算所得，

五、計算并繳納清算所得稅，

六、確定可向股東分配的剩余財產、應付股息等。

根據上述規定，企業在向股東分配剩余存貨和已抵扣進項稅金的固定資產前，需以銷售、抵頂債務方式處理存貨和已抵扣進項稅金的固定資產時，可以用增值稅銷項稅金抵減留抵稅額，留抵稅額抵頂完畢的，需繳納增值稅；留抵稅金未抵減完畢并將存貨和已抵扣進項稅金的固定資產作為剩余財產向股東分配的，其留抵稅金稅務機關不再退稅。鑒于留抵稅額屬于“應交稅費”的一項內容，應作為“負債清償損益”處理，并計算扣減企業當期的清算所得。