開農產品收購發票的基本流程如下：

1. 購貨方與銷貨方簽訂農產品采購協議，確定每個品種的質量、數量和價格；

2. 購貨方根據銷貨方交付的原產地證明，按照約定的費用、數量和質量進行驗收；

3. 購貨方在現場簽發收貨單，確認收貨，并開具農產品收購發票；

4. 購貨方向銷貨方支付采購款項；

5. 購貨方可根據市場行情，選擇農產品的經營方式，供應市場或其他企業；

6. 對于購銷兩方都認可的農產品，雙方應簽訂農產品收購合同，以確保雙方利益；

7. 銷貨方和購貨方應在發票上注明相應的財務信息、具體的采購數量和貨物品種，以及采購前后的變更；

8. 發票相關資料，包括發票抬頭、發票號碼、發票代碼、稅務登記證等，均要妥善保存，并做好歸檔處理；

9. 購貨方和銷貨方應及時完成稅務報告，并保留納稅憑證，以備查驗。

拓展知識：開農產品收購發票時，發票上所列資料應詳盡完整，稅率應當根據不同的商品的屬性不同而加以區分，以免出現稅收糾紛。發票應根據當時收貨付款的情況開具，并且發票內容能反映出原始采購協議中商品名稱、數量、單價、金額等信息，以及購貨方和銷貨方的真實名稱等。