從目前的形勢看，事業單位財務制度整體上不健全，執行《事業單位會計準則》難度較大，整體上來講，事業單位財務存在以下五個問題：

一、預算有待進一步加強

主要表現在預算編制、執行以及考核三個方面：

預算編制方面，對預算編制重要性認識不足，簡單地采用增量預算法編制預算不準確，部分部門未將應納入單位預算管理的預算外資金統一納入單位預算，隱瞞、截留財政資金和其他收入，私設小金庫。預算支出隨意性也大，超發津貼、獎金，超支業務費的現象普遍，審批制度不嚴格，“專款不專用”的現象經常發生。財務部門的考核也只停留在表面，存在一定的隨意性和盲目性。

二、缺少有力的上級支持

一些事業單位領導缺乏財務管理意識，不重視財務管理工作，不了解財務管理的政策法規。財務管理應有的輔助決策和監督控制功能沒有得到發揮。

另外，很多事業單位側重于經費支出審批程序等會計基礎工作，忽視了預算管理、資產管理、財務分析等職能，財務管理過于簡單。缺乏科學的理財和成本意識，不注重資金的使用效益，管理體制不健全。

三、銀行賬戶開立混亂，票據管理不規范

近年來，事業單位多頭開戶的現象越來越嚴重，造成資金分散，不易管理，給審計稽核和財務監督工作帶來困難。另一方面，事業單位的票據管理存在許多違紀問題。比如領購手續不健全，核銷上存在監督漏洞；票據存根與入賬金額不符等。

貨幣資金管理有漏洞，部分事業單位變相隱瞞截留收入，賬外資產問題嚴重；相關職務沒有分離；現金管理問題很多；通過往來賬戶對真實收入掩蓋，從而偷逃稅；資金使用缺乏計劃性，費用開支不透明，導致事業單位經費緊缺。

四、資產管理混亂、賬實不符

財產清查制度不健全、管理權責不清，尤其體現在固定資產上。有的單位長期以來未對固定資產進行盤點和清理，資產使用效率低，流失嚴重；監督機制不健全；固定資產出租管理不到位且混亂，取得的收益不上繳財政專戶。事業單位缺乏制度化和程序化管理，導致腐敗發生，虛增資產價值。

五、整體會計人員素質較低

會計人員專業素質參差不齊，有相當一部分未經過系統的財會知識培訓，理財觀念陳舊，知識欠缺，方法落后。另外，事業單位會計基礎工作較薄弱。如原始憑證各項內容不全、以假充真，收付款憑證概念不清、審核不嚴；財務報告內容不全、根據單位領導的授意進行“編報”、普遍沒有報表分析說明等。