小規模納稅人代開專票附加稅的申報流程如下：

1、確定代開的專票的類型。小規模納稅人應根據發票的使用來確定發票的類型，包括普通發票、機動車發票、增值稅專用發票、卷式發票等類型，依據不同發票類型辦理不同的手續。

2、準備相關材料。小規模納稅人開具以及完稅的專票，需記錄發票的準確的信息，如發票類型、名稱、稅號、開票日期、購方名稱、金額等，發票信息應正確無誤。

3、繳納稅款。小規模納稅人需根據發票的類型向稅務機關申報附加稅，綜合考慮發票的類型、金額、形式等因素，繳納相應的稅款。

4、完成申報，保存記錄。小規模納稅人完成上述步驟后，應完成附加稅的申報，并保存有關記錄，便于日后核查。

拓展知識： 3%流通稅是指小規模納稅人銷售商品以及提供勞務后計征的附加稅，又稱為統一稅率。它是一種涉及個人和企業的增值稅附加稅，發票上的稅款是消費者應付的稅款， 小規模納稅人必須完成該稅款的繳納流程。