股東分配利潤的個人所得稅申報，可以分為以下幾個步驟來操作：

第一步：登錄國家稅務總局的電子申報系統，將股東分配利潤申報表和納稅人的所得稅申報及其它相關申報單據上傳至系統，完成網上申報。

第二步：登錄國家稅務總局的納稅系統，登錄成功后將稅收登記碼輸入，在系統中查詢到股東分配利潤的個人所得稅，并將個人所得稅繳納至稅務部門。

第三步：將納稅后的股東分配利潤的個人所得稅文件，存檔便于以后查證。

最后：根據國家稅務總局關于股東分配利潤的個人所得稅申報相關規定，按時繳納稅款，并將稅務申報單據妥善存檔，便于以后查證。

拓展知識：按規定，股東分配利潤的個人所得稅有一定的免稅額，不同的情形有不同的免稅額，具體可以查詢國家稅務總局的最新規定。另外，繳納股東分配利潤的個人所得稅時，還可以申請人才減稅、科技成果轉化減稅等政策減免，以減輕企業及個人的稅收負擔。