進項稅有余額沒有庫存的會計處理，依據《企業會計準則》對待。首先，進項稅要本季度發生，也即是銷售收入有增加時才能有進項稅要繳，這時的進項稅存在和本期應交稅金關系。

其次，庫存的核算，應當根據企業行為狀態，及時反映實際的存量狀況，庫存減少時，此時的進項稅增加，庫存增加時，此時的進項稅減少，實際反映出的狀態也正是進項稅存在無庫存的狀態之中。

綜上所述，進項稅有余額沒有庫存，此時會計處理需要對進項稅存在的時間分別進行核算，將歷史累計和本期分別計算，此時可以作為應交稅費的必要條件。此外，也要比較發票以及其他財務記錄，以確定處理是否正確，也要通過記錄庫存情況，確定庫存是否與進項稅有關。

拓展知識：

企業會計準則規定，進項稅的計提必須依據稅法規定，反映業務實質情況計提，如果發現企業虛開發票，不僅可以沒收企業的非法所得，還會造成企業進項稅計提超出所需核實，此時的進項稅會影響企業的稅務繳納，從而影響企業的正常生產經營狀況。