小商店納稅的方法主要有以下幾種：

①完稅：完稅指的是屬于小商店的是根據接受的貨物或服務的實際價值來計算稅金的數量。完稅的計算方式一般是“貨物價值*稅率”的形式，這種稅收類型的主要優點是它能夠更準確地反映出市場價格的變化，從而使小商店獲得與其實際貨物或服務價格相等的稅金。

②簡易稅制：簡易稅制是專門為小商店設計的一種稅收形式，它不僅簡單易行，而且稅率一般比較低，同時也不會影響小商店的營業額。通常，簡易稅制都由當地政府決定，一般會有一定的收入門檻和收入政策。

③增值稅：增值稅是一種相對復雜的稅收形式，也是最常見的稅收形式。稅率按照各種不同的產品不同，一般為6-16％。在增值稅制度下，小商店可以把從商品的銷售和運輸到最后的購買者手中的收入的比例都計入稅率，以抵扣最終的稅收金額。

由此，小商店在納稅時應根據具體的業務情況，考慮自身的特點，參考當地政府的稅收政策，合理確定適當的稅收方式。

拓展知識：

稅收是一個國家對其公民社會進行財務管理的一種有效的方式，稅收分為國家稅和地方稅，國家稅包括個人所得稅，營業稅，增值稅，資源稅等，而地方稅包括房產稅，車輛購置稅，印花稅等。稅收是國家負擔的重要來源，也是任何一個國家穩定發展的重要基礎，因此在任何國家都非常重視稅收的運作。